Kin-Gin est en quelque sorte la suite de Naruto. Pour commencer, 100 ans avant, Naruto combattait Madara Uchiha et Sasuke en même temps. Celui-ci perdit et mourra avec dignité après avoir presque achever Sasuke. Quelques minutes après le combat, des renforts vinrent (Kakashi faisait parti d'eux.) et détruisirent, grace a leur puissance totale ,(10 Jounin Spécial, le Hokage et des membres des Oi-Nin) Sasuke et Madara. Cependant, après avoir fêter la victoire sur place et pleurer la mort de Naruto, Zetsu et Kisame vinrent et utilisèrent une techniques spéciale qu'ils avaient créer pour envoyer les Ninjas de Konoha dans une autre dimension, ou ils ne pouvaient rien faire...
Alors, Kisame et Zetsu reçurent la gloire aux cotés des Déserteurs car ils avaient détruit une grosse partie de la puissance militaire de Konoha. Mais, dans leur hate de contrôler tout le Monde Ninja, Kisame et Zetsu se défièrent. Leur combat fut un des plus grand combat de l'Histoire. D'après les rumeurs, Kisame gagna et créa une petite organisation du nom de Akatsuki, comme l'ancien nom, qui n'avait qu'un seul but, détruire tous les villages Ninja.

De nos jours, personne ne sait qui est le véritable chef de l'Akatsuki. Nous savons tous que, 100 ans avant, Kisame était le Chef. Cependant, nous avons entendu des rumeurs prétendant avoir vu des Ninjas portant un grand uniforme Noir-Gris ou était dessiné de minuscules Lune.
Pour se défendre, les Kage de chaque village Ninja se réunirent et multiplièrent leur défense. Ils devaient attendre a chaque instant une attaque ennemie..